Fausto Caporali si è diplomato nel 1981 in Organo e Composizione organistica al Conservatorio  “G. Verdi” di Milano studiando con G. Spinelli e nel 1983 ha conseguito il titolo di Maestro in Canto Gregoriano al Pontificio Istituto Ambrosiano di Musica Sacra. Si è in seguito perfezionato partecipando ai corsi di H. Vogel (musica organistica della Germania del Nord), A. Isoir  (musica francese del periodo classico), E. Kooiman (musica francese),  L. Rogg (Bach, Mozart, improvvisazione), M. Claire Alain (Bach, Alain), D. Roth (sinfonismo francese contemporaneo), G. Parodi (romanticismo tedesco). Ha studiato privatamente a Parigi con D. Roth ed ha frequentato ad Haarlem i corsi estivi di improvvisazione di N. Hakim. Alla fine dei suoi studi accademici si è applicato, fra i primi in Italia, allo studio di O. Messiaen, con una tesi sulla sua opera organistica.
Si è classificato secondo al Concorso di Improvvisazione Organistica di Biarritz nel 1995 e nel 1997, ed è stato semifinalista nel 1996 al Concorso Internazionale di improvvisazione Haarlem. Come compositore ha al suo attivo un Terzo Premio al Concorso AGIMUS di Varenna nel 1996.
Svolge attività concertistica sia come solista che come accompagnatore di gruppi vocali e strumentali.  Ha tenuto concerti anche in Germania, Francia e Svizzera.
Attualmente è organista nella Cattedrale di Cremona e titolare della cattedra d'organo al conservatorio di Torino.
Tiene regolarmente corsi di improvvisazione organistica per conto della "Associazione Italiana Organisti di Chiesa" a Cremona.